O SISPROT foi criado pelo Provimento nº. 15/91 que autorizou sua implantação e funcionamento em face do Provimento nº. 11/90 que instituiu a distribuição dos títulos para protesto ao regulamentar o inciso II do artigo 213 da Lei nº. 1.503/81 (Lei de Organização Judiciária do Estado do Amazonas).

Inicialmente funcionando nas antigas instalações do 3º. Ofício do Registro de Imóveis e Protesto de Letras, na rua Henrique Martins 374, Centro, passou em 1995 a funcionar nas dependências do 1º. Ofício do Registro de Imóveis e Protesto de Letras na rua Joaquim Sarmento 418, Sala 101, Centro, assumindo em 2000 seu endereço atual.